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Les branchies sont les organes respiratoires d’un grand nombre d’animaux aquatiques, notamment les poissons, de nombreux vers marins, certaines larves d’insectes, mais aussi les mollusques lamellibranches où leur rôle est mixte : respiratoire et alimentaire (animaux filtreurs comme les huitres ou les moules). Elle permettent d’extraire le dioxygène de l’eau qui constitue le milieu de vie de ces animaux, et d’y rejeter le dioxyde de carbone produit par le métabolisme de l’animal.
Sur le plan histologique, les branchies possèdent toujours une structure lamellaire, qui augmente considérablement la surface de contact entre l’eau et le milieu intérieur (lamelles branchiales), des structures de soutien (osseuses, cartilagineuses, conjonctives), une irrigation sanguine importante (chez les vertébrés), caractérisée par une grande densité en capillaires sanguins et en vaisseaux de plus gros diamètre (artères et veines), qui leur donne une teinte rouge caractéristique, ainsi qu’une paroi très fine, favorable aux échanges de gaz entre le milieu ambiant et le sang des capillaires branchiaux.
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