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Les stromatolithes sont des structures lamellaires minérales formées par une accumulation de minces pellicules superposées, de nature de calcaire (plus rarement siliceuse). Ces structures rocheuses en feuillets présentaient à l'origine, le plus souvent, une alternance entre un film bactérien ancien (biofilm) et une pellicule de particules sédimentaires, dont la cristallisation semble avoir été provoquée par des cyanobactéries présentes a cet endroit. Il existe encore actuellement, même si cela est rare, des stromatolithes en activité, comme à Shark Bay, en Australie.
Les Cyanobactéries semblent avoir contribué de manière importante à l’enrichissement de l’atmosphère primitive de la Terre en dioxygène, bien avant l’apparition des formes de vie complexes, à l’époque où les conditions de vie étaient très inhospitalières. Par photosynthèse, elles auraient absorbé l’essentiel du CO2 atmosphérique et celui dissout dans les océans, tout en enrichissant progressivement l'atmosphère en dioxygène. Les stromatolites fossiles sont des vestiges de cette activité passée.
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